特設掃海隊は特設艦船部隊令第五十八條で規定される部隊で、特設掃海艇二隻以上を以て編成することとされました。対艦で掃海を行うためには偶数隻を必要とするので、一組二隻～四組八隻の単位で編成が行われ、中でも二組四隻を以て編成されているケースが多数でした。
特設掃海隊は各其の編制に依り第三掃海隊等と呼称されました。特設掃海隊であっても呼称には「特設」はつかず単に第三掃海隊であり第三特設掃海隊でないことにご注意ください。戦利船の他は音羽丸と留萌丸を除くすべての特設掃海艇が一度は特設掃海隊に編入され、下のようにその数は27ありました。なお第一掃海隊、第十一掃海隊、第十二掃海隊、第二十一掃海隊、第三十掃海隊及び第五十二掃海隊は正規の掃海艇で編成された掃海隊に割り当てらたので特設掃海隊には存在しません。
特設掃海隊の職員及其の職務に付いては驅逐隊潜水隊水雷隊掃海隊驅潜隊令の規定を準用しました。
【第二掃海隊】 12.11.07：内令第 798号：天鹽丸、間宮丸、雄基丸、第一玉園丸、高砂丸、安宅丸 12.12.20：内令第 944号：天鹽丸、間宮丸、第一玉園丸、高砂丸、安宅丸 13.05.19：内令第 397号：天鹽丸、間宮丸、第一玉園丸、高砂丸、安宅丸、第二玉園丸 13.06.02：内令第 442号：間宮丸、第一玉園丸、高砂丸、安宅丸、第二玉園丸 13.06.07：内令第 477号：間宮丸、第一玉園丸、高砂丸、安宅丸、第二玉園丸、第三玉園丸 13.06.18：内令第 503号：第一玉園丸、高砂丸、安宅丸、第二玉園丸、第三玉園丸 13.11.01：内令第 896号：第一玉園丸、高砂丸、第二玉園丸、第三玉園丸 14.03.15：内令第 186号：特設掃海隊編制を廃止
【第三掃海隊】 12.11.07：内令第 798号：第一博多丸、第二博多丸、第三博多丸、第六博多丸、第七博多丸、八幡丸 13.11.01：内令第 896号：第一博多丸、第二博多丸、第三博多丸、第六博多丸、第七博多丸 13.11.18：内令第 966号：第三掃海隊の項を削る
16.01.15：内令第 30号：第一鶚丸、第三鶚丸、第五十一播州丸、第五十二播州丸、八幡丸、第六博多丸 16.05.15：内令第 524号：第三掃海隊の項を削る
【第四掃海隊】 16.01.15：内令第 30号：第十七日之出丸、第十八日之出丸、筑紫丸、嵐山丸、田村丸、陸前丸 16.10.15：内令第1252号：第十七日之出丸、第十八日之出丸、筑紫丸、嵐山丸、田村丸、陸前丸 16.11.20：内令第1492号：筑紫丸、嵐山丸 17.02.20：内令第 316号：第四掃海隊の項を削る
【第十三掃海隊】 16.01.15：内令第 30号：高砂丸、第三玉園丸、羽衣丸、能代丸、鳥嶋丸、安宅丸 16.09.01：内令第 999号：高砂丸、第三玉園丸、鳥嶋丸、安宅丸 16.10.15：内令第1252号：高砂丸、第三玉園丸、鳥嶋丸、安宅丸 17.07.10：内令第1216号：第十三掃海隊の項を削る
【第十四掃海隊】 16.09.01：内令第 999号：玉丸、第二玉丸、羽衣丸、能代丸 16.10.15：内令第1252号：玉丸、第二玉丸、羽衣丸、第二號能代丸 17.04.01：内令第 557号：玉丸、羽衣丸、第二號能代丸 17.05.25：内令第 932号：第十四掃海隊の項を削る
【第十五掃海隊】 16.10.15：内令第1252号：第二文丸、第三關丸 17.04.10：内令第 653号：第十五掃海隊の項を削る
【第十六掃海隊】 16.01.15：内令第 30号：第一玉園丸、第二玉園丸、園部丸、吉野丸 16.10.01：内令第1165号：第三玉丸、第五玉丸 16.10.15：内令第1252号：第三玉丸、第五玉丸、第七昭和丸、第八昭和丸 19.03.31：内令第 504号：第十六掃海隊の項を削る
【第十七掃海隊】 16.10.15：内令第1252号：第五利丸、第八利丸、慶南丸、第十一鶚丸 19.01.05：内令第 50号：第五利丸、第八利丸、慶南丸 19.08.01：内令第 923号：第十七掃海隊の項を削る
【第二十五掃海隊】 15.11.15：内令第 838号：鳴尾丸、金剛丸、第三朝洋丸、第五朝洋丸 16.01.15：内令第 30号：鳴尾丸、金剛丸、第三朝洋丸、第五朝洋丸 16.05.15：内令第 524号：鳴尾丸、金剛丸、第一鶚丸、第三鶚丸 16.10.15：内令第1252号：鳴尾丸、第二號金剛丸、第一鶚丸、第三鶚丸、新東北丸、東郷丸 18.11.01：内令第2283号：第二十五掃海隊の項を削る
【第二十六掃海隊】 16.12.10：内令第1620号：第一京仁丸、第二京仁丸、第十八播州丸、第十昭和丸 20.07.31：内令第 686号：第二十六掃海隊の項を削る
【第二十七掃海隊】 16.10.15：内令第1252号：朝洋丸、第二朝洋丸、園部丸、吉野丸、第一玉園丸、第二玉園丸 17.03.15：内令第 451号：園部丸、吉野丸、第一玉園丸、第二玉園丸 19.06.10：内令第 745号：第二十七掃海隊の項を削る
【第二十八掃海隊】 16.12.31：内令第1774号：藤丸、第七福榮丸、第五京仁丸 17.02.10：内令第 254号：藤丸、第七福榮丸、第三京仁丸、第五京仁丸 21.08.10：復二第 158号：特設掃海隊編制を廃止
【第三十一掃海隊】 16.05.01：内令第 460号：第三拓南丸、第八拓南丸、第六玉丸、第七玉丸 16.10.15：内令第1252号：第三拓南丸、第八拓南丸、第六玉丸、第七玉丸、多摩丸、大井丸 19.05.10：内令第 649号：第三十一掃海隊の項を削る
【第三十二掃海隊】 16.10.15：内令第1252号：第二鮮友丸、第三鮮友丸、第二高島丸 16.10.31：内令第1312号：第二鮮友丸、第三鮮友丸、第二高島丸、第三高島丸、第十二良友丸、第三江口丸 17.06.15：内令第1049号：第二鮮友丸、第三鮮友丸、第二高島丸、第三高島丸、第三江口丸 17.08.15：内令第1532号：第二鮮友丸、第三鮮友丸、第三高島丸、第三江口丸 17.08.15：内令第1532号：第二鮮友丸、第三鮮友丸、第三高島丸、第三江口丸、榊丸、阿津丸 19.10.01：内令第1140号：第三十二掃海隊の項を削る
【第三十三掃海隊】 16.10.15：内令第1252号：女島丸、眉山丸、第五德豐丸、第二號朝日丸 16.10.31：内令第1312号：女島丸、眉山丸、第五德豐丸、第二號朝日丸、美代丸、第五桐丸 20.06.01：内令第 498号：第三十三掃海隊の項を削る
【第三十四掃海隊】 16.12.31：内令第1774号：やちよ丸、甲山丸、第十德豐丸、葵丸 20.11.29：第301908番電：第三十四掃海隊の項を削る
【第三十五掃海隊】 16.10.01：内令第1165号：第一濟洲丸、第二濟洲丸、第五十一播州丸、第六博多丸 16.10.15：内令第1252号：第一濟洲丸、第二濟洲丸、第五十一播州丸、第六博多丸 20.07.05：内令第 602号：第三十五掃海隊の項を削る
【第四十一掃海隊】 16.11.20：内令第1492号：第一京丸、第三京丸 16.12.31：内令第1774号：第一京丸、第三京丸、麗水丸、高雄丸 18.04.01：内令第 585号：第一京丸、麗水丸、高雄丸 18.06.15：内令第1210号：第四十一掃海隊の項を削る
【第四十二掃海隊】 16.10.15：内令第1252号：關丸、第七利丸、第六濟洲丸、第七濟洲丸 17.09.25：内令第1782号：第四十二掃海隊の項を削る
【第四十三掃海隊】 16.12.10：内令第1620号：第七博多丸、姫島丸、寳永丸、第八長運丸 16.12.31：内令第1774号：第七博多丸、姫島丸、寳永丸、第八長運丸、ちとせ丸、新浦丸 17.09.25：内令第1782号：第七博多丸、姫島丸、寳永丸、第八長運丸、ちとせ丸、新浦丸、關丸、第七利丸 19.12.10：内令第1346号：姫島丸、寳永丸、第八長運丸、ちとせ丸、新浦丸、關丸、第七利丸 20.03.05：内令第 202号：第四十三掃海隊の項を削る
【第四十四掃海隊】 16.10.15：内令第1252号：第六長運丸、第七長運丸 16.10.31：内令第1312号：第六長運丸、第七長運丸、利丸、第二利丸 21.08.10：復二第 158号：特設掃海隊編制を廃止
【第四十五掃海隊】 16.12.10：内令第1620号：第二十日之出丸、第八鶚丸、六甲丸、武藏丸 19.10.20：内令第1198号：第四十五掃海隊の項を削る
【第四十六掃海隊】 16.12.10：内令第1620号：第十八長運丸、第二十一長運丸、第五十二播州丸、第五十六播州丸 17.02.05：内令第 225号：第十八長運丸、第二十一長運丸、第五十六播州丸 17.05.31：内令第 981号：第四十六掃海隊の項を削る
【第四十七掃海隊】 16.12.31：内令第1774号：太安丸、第三號太平丸 17.04.10：内令第 653号：第四十七掃海隊の項を削る
【第四十八掃海隊】 16.10.15：内令第1252号：太東丸、太西丸、第一開洋丸、第三開洋丸 20.10.25：第250028番電：第四十八掃海隊の項を削る
【第四十九掃海隊】 16.11.20：内令第1492号：第十七日之出丸、第十八日之出丸、田村丸、陸前丸 20.07.10：内令第 621号：第十八日之出丸、田村丸、陸前丸 20.08.15：内令第 737号：第四十九掃海隊の項を削る
【第五十掃海隊】 16.10.15：内令第1252号：第十六昭南丸、第一拓南丸 17.04.10：内令第 653号：第五十掃海隊の項を削る
【第二掃海隊司令】 補 12.11.07：海軍中佐 手束 五郎 （補第二掃海隊司令兼第三掃海隊司令） -- 12.11.15：海軍中佐 手束 五郎 （免兼職） 免 13.09.05：海軍中佐 手束 五郎 補 13.09.05：海軍中佐 佐藤 俊美 任 13.11.15：海軍大佐 佐藤 俊美 免 14.03.15：海軍大佐 佐藤 俊美
【第三掃海隊司令】 補 12.11.07：海軍中佐 手束 五郎 （補第二掃海隊司令兼第三掃海隊司令） 免 12.11.15：海軍中佐 手束 五郎 （免兼職） 補 12.11.15：海軍中佐 柴田 力 任 12.12.01：海軍大佐 柴田 力 免 13.08.05：海軍大佐 柴田 力 補 13.08.05：海軍中佐 植田 弘之介 任 13.11.15：海軍大佐 植田 弘之介 免 13.11.18：海軍大佐 植田 弘之介 -- 補 16.01.15：海軍中佐 藤田 友造 免 16.05.15：海軍中佐 藤田 友造
【第四掃海隊司令】 補 16.01.15：海軍大佐 濱屋 七平 免 17.02.20：海軍大佐 濱屋 七平
【第十三掃海隊司令】 補 16.01.15：海軍大佐 片原 常次郎 免 16.09.02：海軍大佐 片原 常次郎 補 16.09.02：海軍大佐 千葉 成男 免 17.06.01：海軍大佐 千葉 成男 補 17.06.01：海軍大佐 三塚 俊男 免 17.07.10：海軍大佐 三塚 俊男
【第十四掃海隊司令】 補 16.09.01：海軍大佐 鈴木 淸 任 17.05.12：海軍少将 鈴木 淸 （戦死）
【第十五掃海隊司令】 補 16.10.15：海軍大佐 片原 常次郎 免 17.02.25：海軍大佐 片原 常次郎 補 17.02.25：海軍大佐 山下 深志 免 17.04.10：海軍大佐 山下 深志
【第十六掃海隊司令】 補 16.01.15：海軍大佐 大塚 敏雄 免 16.01.25：海軍大佐 大塚 敏雄 補 16.01.25：海軍大佐 宮本 定知 免 17.07.25：海軍大佐 宮本 定知 補 17.07.25：海軍大佐 戸上 虎次 免 18.09.28：海軍大佐 戸上 虎次 補 18.09.25：海軍大佐 脇坂 乗平 任 19.02.06：海軍少将 脇坂 乗平 （戦死）
【第十七掃海隊司令】 補 16.10.15：海軍大佐 郷田 喜一郎 免 17.09.10：海軍大佐 郷田 喜一郎 補 17.09.10：海軍大佐 松田 鹿三 免 18.10.04：海軍大佐 松田 鹿三 -- 補 18.11.24：海軍大佐 古賀 善吾 免 19.08.01：海軍大佐 古賀 善吾
【第二十五掃海隊司令】 補 15.11.15：海軍大佐 神山 德平 免 16.07.10：海軍中佐 神山 德平 補 16.07.10：海軍中佐 山上 誠一 免 17.04.25：海軍中佐 山上 誠一 補 17.04.25：海軍大佐 後藤 鐵五郎 免 18.11.01：海軍大佐 後藤 鐵五郎
【第二十六掃海隊司令】 補 16.12.10：海軍大佐 倉田 七郎 免 17.05.20：海軍大佐 倉田 七郎 補 17.05.20：海軍中佐 喜多山 省三 免 17.08.01：海軍中佐 喜多山 省三 補 17.08.01：海軍中佐 倉持 孫一 免 19.02.15：海軍中佐 倉持 孫一 -- （昭和20年３月の戦時日誌によるとこの間、大野周大佐が指令代理を勤めている） 補 20.07.05：海軍少佐 水谷 勝二 免 20.07.31：海軍少佐 水谷 勝二
【第二十七掃海隊司令】 補 16.10.15：海軍大佐 久我 德一 免 17.04.01：海軍大佐 久我 德一 補 17.04.01：海軍大佐 阪本 敏 免 18.11.01：海軍大佐 阪本 敏 補 18.11.01：海軍大佐 池田 七郎 免 19.06.10：海軍大佐 池田 七郎
【第二十八掃海隊司令】 補 16.12.31：海軍大佐 竹崎 武雄 免 18.05.25：海軍大佐 竹崎 武雄 補 18.05.25：海軍大佐 柳川 教茂 免 18.10.25：海軍大佐 柳川 教茂 補 18.10.25：海軍大佐 大道寺 邁 免 18.12.17：海軍大佐 大道寺 邁 -- 補 18.12.20：海軍中佐 志摩 岑 免 20.08.05：海軍中佐 志摩 岑
【第三十一掃海隊司令】 補 16.05.01：海軍大佐 熊谷 秀夫 免 17.10.20：海軍大佐 熊谷 秀夫 補 17.10.20：海軍大佐 鬼 俊民 免 19.05.10：海軍大佐 鬼 俊民
【第三十二掃海隊司令】 補 16.10.15：海軍大佐 武田 喜代吉 免 17.07.10：海軍大佐 武田 喜代吾 補 17.07.10：海軍大佐 山下 深志 免 18.11.20：海軍大佐 山下 深志 補 18.11.20：海軍大佐 辻 榮作 免 19.10.01：海軍大佐 辻 榮作
【第三十三掃海隊司令】 補 16.10.15：海軍大佐 實吉 敏郎 免 17.04.10：海軍大佐 實吉 敏郎 補 17.04.10：海軍大佐 遠藤 昌 免 17.11.25：海軍大佐 遠藤 昌 補 17.11.25：海軍大佐 小山 泰治 免 18.07.22：海軍大佐 小山 泰治 補 18.07.22：海軍大佐 大窪 博 免 20.06.01：海軍大佐 大窪 博
【第三十四掃海隊司令】 補 16.12.31：海軍少佐 福地 義一 免 17.06.23：海軍少佐 福地 義一 補 17.06.23：海軍中佐 阿部 信夫 任 19.10.15：海軍大佐 阿部 信夫 -- 20.10.01：海軍大佐 阿部 信夫 （充員召集解除） 補 20.10.01：海軍中佐 角町 與平 -- 20.10.17：海軍中佐 角町 與平 （補第三十四號海防艦長）
【第三十五掃海隊司令】 補 16.10.01：海軍大佐 森 繁二 免 18.11.10：海軍大佐 森 繁二 補 18.11.10：海軍大佐 熊澤 舛藏 免 19.01.15：海軍大佐 熊澤 舛藏 命 19.01.15：海軍大佐 門前 鼎 （司令欠員中代理） 命 19.05.20：海軍大佐 武田 喜代吾（司令欠員中代理） 命 20.06.28：海軍大佐 古閑 孫太郎（司令欠員中代理） --
【第四十一掃海隊司令】 補 16.11.20：海軍大佐 佃 久米太郎 免 17.01.17：海軍大佐 佃 久米太郎 補 17.01.17：海軍大佐 宮崎 平 免 17.01.28：海軍大佐 宮崎 平 補 17.01.28：海軍大佐 柏木 英 免 18.01.20：海軍大佐 柏木 英 補 18.01.20：海軍大佐 古瀬 倉藏 免 18.04.08：海軍大佐 古瀬 倉藏 補 18.04.08：海軍中佐 中込 育三 免 18.06.15：海軍中佐 中込 育三
【第四十二掃海隊司令】 補 16.10.15：海軍大佐 藤永 三郎 免 17.04.10：海軍大佐 藤永 三郎 補 17.04.10：海軍大佐 久我 德一 免 17.09.25：海軍大佐 久我 德一
【第四十三掃海隊司令】 補 16.12.10：海軍大佐 赤穴 敏一 免 18.07.05：海軍大佐 赤穴 敏一 補 18.07.05：海軍大佐 村尾 二郎 免 19.09.01：海軍大佐 村尾 二郎 補 19.09.01：海軍中佐 安並 正俊 任 19.10.15：海軍大佐 安並 正俊 免 20.01.15：海軍大佐 安並 正俊
【第四十四掃海隊司令】 補 16.10.15：海軍中佐 土井 卓三 免 17.07.25：海軍中佐 土井 卓三 補 17.07.25：海軍少佐 森本 信一 免 19.04.01：海軍少佐 森本 信一
【第四十五掃海隊司令】 補 16.12.10：海軍大佐 宮崎 平 免 17.01.17：海軍大佐 宮崎 平 補 17.01.17：海軍大佐 千谷 定衛 （第四十六掃海隊司令兼補） 免 17.01.25：海軍大佐 千谷 定衛 （免兼職） 補 17.01.25：海軍中佐 梶永 慶次郎 免 17.02.15：海軍中佐 梶永 慶次郎 補 17.02.15：海軍大佐 宮崎 平 免 18.03.17：海軍大佐 宮崎 平 補 18.03.17：海軍大佐 鈴木 幸三 任 19.09.23：海軍少将 鈴木 幸三 （戦死）
【第四十六掃海隊司令】 補 16.12.10：海軍大佐 千谷 定衛 補 17.01.17：海軍大佐 千谷 定衛 （兼補第四十五掃海隊司令） -- 17.01.25：海軍大佐 千谷 定衛 （免兼職） 免 17.05.31：海軍大佐 千谷 定衛
【第四十七掃海隊司令】 補 16.12.31：海軍大佐 吉岡 淸 免 17.04.10：海軍大佐 吉岡 淸
【第四十八掃海隊司令】 補 16.10.15：海軍大佐 福原 一郎 免 18.05.01：海軍大佐 福原 一郎 補 18.05.01：海軍大佐 斎藤 直彦 免 19.05.06：海軍大佐 斎藤 直彦 補 19.05.06：海軍大佐 玉城 利治 免 19.09.01：海軍大佐 玉城 利治 補 19.09.01：海軍大佐 吉岡 淸 免 20.05.15：海軍大佐 吉岡 淸 補 20.05.15：海軍中佐 鈴木 盛 免 20.10.25：海軍中佐 鈴木 盛
【第四十九掃海隊司令】 補 16.11.20：海軍大佐 白石 邦夫 免 18.07.15：海軍大佐 白石 邦夫 補 18.07.15：海軍大佐 久我 德一 免 19.09.01：海軍大佐 久我 德一 補 19.09.01：海軍大佐 小原 義雄 免 20.04.10：海軍大佐 小原 義雄 補 20.04.10：海軍少佐 太田 直次 任 20.05.01：海軍中佐 太田 直次 任 20.07.26：海軍大佐 太田 直次 （戦死）
【第五十掃海隊司令】 補 16.10.15：海軍大佐 黑崎 林藏 免 17.01.25：海軍大佐 黑崎 林藏 補 17.01.25：海軍大佐 岩原 盛恵 免 17.04.10：海軍大佐 岩原 盛恵
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