特設魚雷艇隊は特設艦船部隊令第五十九條ノ六〜七で規定される部隊で、主として魚雷艇を以てする水域の防禦及警備に関することを掌り第一魚雷艇隊、第二魚雷艇隊等と呼称することとされました。特設部隊ですが正規の特務艇で編成された部隊です。特設魚雷艇隊編制が廃止された昭和19年3月15日以降は昭和19年内令第439号別表の中で、隊名が示されました。特設魚雷艇隊には必要なる艦船、特設艦船を附属することができましたが実際に附属されたものはありません。
【第一魚雷艇隊】 18.09.01：内令第1832号：第二百一號、第二百二號、第二百三號、第二百四號、 第二百五號、第二百六號、第二百七號、第二百八號、 第二百九號、第二百十號、第二百十一號、第二百十二號 19.03.15：内令第 438号：特設魚雷艇隊編制を廃止
【第十一魚雷艇隊】 18.09.05：内令第1858号：第十號、第三百一號、第三百二號、第三百三號、 第三百四號、第三百五號、第三百六號、第三百七號、 第三百八號、第三百九號、第三百十號、第三百十一號、 第三百十二號、第三百十三號、第三百十四號、第三百十五號、 第三百十六號、第三百十七號、第三百十八號、第三百十九號、 第三百二十號、第三百二十一號、第三百二十二號、第三百二十三號 19.03.15：内令第 438号：特設魚雷艇隊編制を廃止
【第二十一魚雷艇隊】 18.09.05：内令第1858号：第四百一號、第四百二號、第四百三號、第四百四號、 第四百五號、第四百六號、第四百七號、第四百八號、 第四百九號、第四百十號、第四百五十一號、第四百五十二號、 第四百五十三號、第四百五十四號 19.03.15：内令第 438号：特設魚雷艇隊編制を廃止
【第二魚雷艇隊】 19.03.15：内令第 439号：- 19.07.01：内令第 810号：243、248、252、253、 隼12、隼17、隼22、隼22、隼23、隼24、隼25、隼26 19.07.10：内令第 849号：13、243、244、248、252、253、 隼12、隼13、隼15、隼16、隼17、隼22、隼22、隼23、隼24、隼25、 隼26 19.07.25：内令第 893号：11、13、243、244、248、252、253、 隼12、隼13、隼15、隼16、隼17、隼22、隼22、隼23、隼24、隼25、 隼26、隼27、 19.08.06：内令第 930号：11、13、243、244、248、252、253、 隼12、隼13、隼15、隼16、隼17、隼22、隼22、隼23、隼24、隼25、 隼26、隼27、隼28 19.08.15：内令第 962号：11、13、243、244、248、252、253、 隼12、隼13、隼15、隼16、隼17、隼22、隼22、隼23、隼24、隼25、 隼26、隼27、隼28、隼59、隼73、 隼212、隼213、隼214 19.09.05：内令第1049号：11、13、14、243、244、248、252、253、 隼12、隼13、隼15、隼16、隼17、隼22、隼22、隼23、隼24、隼25、 隼26、隼27、隼28、隼29、隼30、隼59、隼73、 隼212、隼213、隼214 19.09.20：内令第1101号：11、13、14、15、243、244、248、252、253、 隼12、隼13、隼15、隼16、隼17、隼22、隼22、隼23、隼24、隼25、 隼26、隼27、隼28、隼29、隼30、隼59、隼73、 隼212、隼213、隼214 19.11.10：内令第1259号：11、13、14、15、243、244、248、252、253、 隼12、隼13、隼15、隼16、隼17、隼22、隼22、隼23、隼24、隼25、 隼26、隼27、隼28、隼29、隼30、隼31、隼32、隼59、隼73、 隼212、隼213、隼214 19.12.10：内令第1344号：11、13、14、15、243、244、248、252、253、 隼13、隼15、隼16、隼22、隼22、隼23、隼24、 隼26、隼27、隼28、隼29、隼30、隼31、隼32、隼59、隼73、 隼212、隼213、隼214 20.05.05：内令第 386号：243、244、248、252、253、 隼12、隼13、隼15、隼16、隼17、隼22、隼22、隼23、隼24、 隼26、隼27、隼28、隼29、隼30、隼31、隼32、隼59、隼73、 隼212、隼213、隼214 20.05.20：内令第 453号：244、248、252、253、 隼12、隼13、隼15、隼16、隼17、隼22、隼22、隼23、 隼27、隼28、隼29、隼30、隼31、隼32、隼59、隼73、 隼212、隼213、隼214 21.01.20：内令第 7号：第二魚雷艇隊の項を削る
【第三魚雷艇隊】 19.03.15：内令第 439号：- 19.07.01：内令第 810号：241、242、244、246、247、249、250、251、 隼10、隼11、隼13、隼14、隼15、隼16、隼18、隼19、隼20、隼21 19.07.10：内令第 849号：241、242、246、247、249、250、251、 隼10、隼11、隼14、隼18、隼19、隼20、隼21 22.05.03：復二第 365号：特設艦船部隊令廃止に伴い自然消滅
【第十一魚雷艇隊】 19.03.15：内令第 439号：10、302、304、305、307、 隼1、隼2、隼3、隼4、隼5、隼6、隼7、隼8、隼9 19.05.10：内令第 655号：10、302、304、305、307、 隼1、隼2、隼6、隼9 19.07.01：内令第 810号：302、304、305、307、 隼1、隼2、隼6、隼9 19.12.01：内令第1306号：第十一魚雷艇隊の項を削る
【第十二魚雷艇隊】 19.03.15：内令第 439号：- 19.07.01：内令第 810号：隼51、隼52、隼53、隼54、隼55、隼56、隼57、隼58、 隼60、隼61、隼62、隼63、隼64、隼67、隼68、隼69、 隼70、隼71、隼72 19.12.10：内令第1344号：隼51、隼53、隼54、隼56、隼57、隼58、 隼60、隼63、隼64、隼68、隼69、隼70、隼71、隼72 20.03.10：内令第 229号：隼51、隼53、隼54、隼56、隼57、隼58、 隼60、隼63、隼64、隼68、隼69、隼70、隼72 22.05.03：復二第 365号：特設艦船部隊令廃止に伴い自然消滅
【第二十一魚雷艇隊】 19.03.15：内令第 439号：401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、 411、412、413、414、415、 431、432、433、434、436、437、438、439、 451、452、453、454 19.04.01：内令第 526号：401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、 411、412、413、414、415、 431、432、433、434、436、437、438、439、440、442、444、445、 451、452、453、454 19.11.05：内令第1240号：第二十一魚雷艇隊の項を削る
【第二十二魚雷艇隊】 19.03.15：内令第 439号：416、418、420、428 19.08.10：内令第 944号：416、418、420 19.09.05：内令第1049号：418、420 19.12.01：内令第1306号：第二十二魚雷艇隊の項を削る
【第二十三魚雷艇隊】 19.03.15：内令第 439号：- 19.07.18：内令第 879号：第二十三魚雷艇隊の項を削る
【第二十五魚雷艇隊】 19.07.01：内令第 810号：457、458、460、461、462、463、464、465、466、467、 482、483、484、485、486、487、488、494、 801、802、803、804 19.08.15：内令第 962号：457、458、460、461、462、463、464、465、466、467、470、471、473、 482、483、484、485、486、487、488, 494、 801、802、803、804 19.09.05：内令第1049号：457、458、460、461、462、463、464、465、466、467、470、471、473、 482、483、484、485、486、487、488, 494、495、 801、803、804 19.12.10：内令第1344号：457、458、460、461、462、463、464、465、466、467、470、471、473、 484、485、486、487、488、494、495、 801、803、804 20.01.20：内令第 54号：457、458、460、461、462、463、464、465、466、467、470、473、 484、485、486、487、488、494、495、 801、803、804 22.05.03：復二第 365号：特設艦船部隊令廃止に伴い自然消滅
【第二十六魚雷艇隊】 19.12.01：内令第1306号：819、829、831、832、833、836 20.01.10：内令第 32号：819、829、831、832、833、834、836、837、839、840、842、843、849、 850 20.01.20：内令第 54号：819、829、831、832、833、834、836、837、839、840、842、843、849、 850、530、531、534、538、539、540、541 20.03.10：内令第 229号：832、834、837、839、840、842、843、849、 850、530、531、534、538、539、540、541 20.04.20：内令第 341号：850、530、531、534、538、539、540 20.05.10：内令第 413号：第二十六魚雷艇隊の項を削る
【第二十七魚雷艇隊】 19.08.15：内令第 962号：417、419、426、427、430、441、443、446、448、499、500、 805、806、809、810、811、812、813、814、820、821、822、823 19.08.25：内令第 998号：417、419、426、427、430、441、443、446、448、 493、495、496、497、498、499、500、 805、806、809、810、811、812、813、814、820、821、822、823 19.09.05：内令第1049号：417、419、426、427、430、441、443、446、448、 493、496、497、498、499、500、 802、805、806、809、810、811、812、813、814、820、821、822、823 19.09.20：内令第1101号：493、496、497、498、499、500、 802、805、806、809、810、811、812、813、814、820、821、822、823 19.10.10：内令第1172号：493、496、497、498、499、500、 802、805、806、809、810、811、812、813、814、815、816、817、 820、821、822、823、826、834、835 19.12.10：内令第1344号：497、499、 802、809、811、815、816、817、 821、822、826、834、835 20.01.10：内令第 32号：497、499、 802、809、811、815、816、817、818、 821、822、826、835、841、844、845、846、847、848、851、852、853 20.03.01：内令第 193号：16、497、499、 802、809、811、815、816、817、818、 821、822、826、835、841、844、845、846、847、848、851、852、853 20.06.01：内令第 500号：497、499、 802、809、811、815、816、817、818、 821、822、826、835、841、844、845、846、851、852 20.07.30：内令第 682号：第二十七魚雷艇隊の項を削る
【第三十一魚雷艇隊】 19.08.15：内令第 962号：506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、519、 520、521、522、523、524、525、526、529、530、531 19.09.10：内令第1061号：506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、519、 520、521、522、523、524、525、526、529、530、531、532、533、534 19.12.01：内令第1306号：506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、519、 520、521、522、523、524、525、526、529、530、531、532、533、534、 538、539、540、541 20.01.20：内令第 54号：506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、519、 520、521、522、523、524、525、526、529、532、533 20.02.10：内令第 118号：506、507、508、510、511、512、514、515、516、 520、521、522、523、524、525、529、532、533 22.05.03：復二第 365号：特設艦船部隊令廃止に伴い自然消滅
特設魚雷艇隊には次の職員を置きその職務に付いては驅逐隊潜水隊水雷隊掃海隊驅潜隊令を準用しました。
司令
機関長
軍医長
主計長
これらの職員の外主として魚雷艇の乗員に充てるため一隊を通して次の職員を置き驅逐艦の職員に準じ服務するものとされました。
分隊長
隊附 士官、特務士官、准士官、下士官、兵
【第一魚雷艇隊司令】 ＊ 未発令
【第二魚雷艇隊司令】 補 19.03.01：海軍大尉 巨勢 泰正（兼補第三十一魚雷艇隊司令） 任 19.05.01：海軍少佐 巨勢 泰正 免 19.05.08：海軍少佐 巨勢 泰正 -- 補 19.06.15：海軍大尉 倉崎 安雄 任 20.08.01：海軍少佐 倉崎 安雄（戦死）
【第三魚雷艇隊司令】 ＊ 未発令
【第十一魚雷艇隊司令】 補 18.09.12：海軍少佐 丹羽 敏雄 免 19.05.08：海軍少佐 丹羽 敏雄
【第十二魚雷艇隊司令】 補 19.05.08：海軍少佐 丹羽 敏雄（兼補第第二十五魚雷艇隊司令） 任 19.11.16：海軍中佐 丹羽 敏雄（戦死） -- 補 19.11.24：海軍少佐 境田 正年 21.03.30：海軍少佐 境田 正年（豫備役被仰付）
【第二十一魚雷艇隊司令】 補 19.03.01：海軍大尉 水谷 秀澄 任 19.05.01：海軍少佐 水谷 秀澄 免 19.11.05：海軍少佐 水谷 秀澄
【第二十二魚雷艇隊司令】 ＊ 未発令
【第二十三魚雷艇隊司令】 ＊ 未発令
【第二十五魚雷艇隊司令】 補 19.05.08：海軍少佐 丹羽 敏雄（第十二魚雷艇隊司令兼補） 任 19.11.16：海軍中佐 丹羽 敏雄（戦死）
【第二十六魚雷艇隊司令】 補 20.01.10：海軍大尉 伊豫田 鉦市 免 20.05.10：海軍大尉 伊豫田 鉦市
【第二十七魚雷艇隊司令】 補 19.07.15：海軍大尉 白石 信治 21.01.15：海軍大尉 白石 信治（補佐世保地方復員局出仕、豫備役被仰付、充員召集）
【第三十一魚雷艇隊司令】 補 19.03.01：海軍大尉 巨勢 泰正（第二魚雷艇隊司令兼補） 任 19.05.01：海軍少佐 巨勢 泰正 免 19.05.08：海軍少佐 巨勢 泰正 補 19.05.08：海軍少佐 巨勢 泰正 21.12.10：海軍少佐 巨勢 泰正（豫備役被仰付）
＊＊＊＊＊