特設砲艦隊は特設艦船部隊令第五十八條で規定される部隊で、特設砲艦二隻以上を以て編成し、其の編制に依り第一砲艦隊等と呼称されました。特設砲艦隊であっても呼称には「特設」はつかず単に第一砲艦隊であり第一特設砲艦隊でないことにご注意ください。なお第二十一砲艦隊、第二十二砲艦隊、第二十三砲艦隊及び第二十四砲艦隊は正規の砲艦で編成された砲艦隊に割り当てられたので特設砲艦隊には存在しません。また、昭和19年に正規の砲艦によって新たに第一砲艦隊が編成されています。
特設砲艦隊の職員及び其の職務に付いては驅逐隊潜水隊水雷隊掃海隊驅潜隊令の規定を準用しました。
【第一砲艦隊】 12.09.17：内令第 604号：首里丸、盧山丸、華山丸、長壽山丸 13.03.24：内令第 203号：首里丸、華山丸、長壽山丸、でりい丸 13.09.15：内令第 785号：首里丸、長壽山丸、長白山丸 13.11.01：内令第 895号：長壽山丸、長白山丸 13.11.13：内令第 934号：第一砲艦隊の項を削る
15.11.15：内令第 837号：新京丸、盛京丸、咸興丸、武昌丸、長沙丸 16.10.15：内令第1250号：慶興丸、妙見丸、咸興丸、武昌丸、長沙丸 16.10.31：内令第1310号：慶興丸、妙見丸、咸興丸、武昌丸 17.01.31：内令第 173号：慶興丸、妙見丸、武昌丸 17.02.05：内令第 224号：慶興丸、武昌丸 17.04.10：内令第 652号：第一砲艦隊の項を削る
【第二砲艦隊】 12.11.07：内令第 ---号：長平丸、鮮海丸、長白山丸、でりい丸 13.03.24：内令第 203号：長平丸、鮮海丸、長白山丸 13.09.15：内令第 785号：長平丸、鮮海丸 13.10.20：内令第 875号：第二砲艦隊の項を削る
16.01.15：内令第 28号：金剛山丸、萬洋丸、神津丸、大興丸 16.07.31：内令第 865号：萬洋丸、神津丸、大興丸 16.10.15：内令第1250号：萬洋丸、神津丸、大興丸、億洋丸 17.03.20：内令第 477号：萬洋丸、大興丸、億洋丸 18.03.15：内令第 451号：第二砲艦隊の項を削る
【第三砲艦隊】 13.10.22：内令第 880号：正生丸、百福丸 13.11.05：内令第 918号：京畿丸、會寧丸、正生丸、百福丸 14.09.15：内令第 652号：豊國丸、會寧丸、正生丸、百福丸 14.11.15：内令第 850号：第十三砲艦隊と改称
16.01.15：内令第 28号：南浦丸、木曽丸、阿蘇丸、硯山丸 16.05.15：内令第 522号：南浦丸、木曽丸、阿蘇丸 16.10.15：内令第1250号：南浦丸、木曽丸、阿蘇丸 17.07.01：内令第1180号：第三砲艦隊の項を削る
【第四砲艦隊】 13.11.18：内令第963号：あきつ丸、義勇丸、第八桐丸、新興丸 13.11.16：内令第963号ノ２：あきつ丸、義勇丸、新興丸、第八桐丸 13.11.18：内令第963号ノ３：あきつ丸、義勇丸、第八桐丸、新興丸 13.11.18：内令第964号：あきつ丸、義勇丸、第八桐丸、新興丸 14.11.15：内令第850号：第十四砲艦隊と改称
16.01.15：内令第 28号：西京丸、江戸丸 16.10.15：内令第1250号：西京丸、江戸丸 17.04.10：内令第 652号：第四砲艦隊の項を削る
【第五砲艦隊】 13.11.20：内令第 970号：東照丸、第十二日正丸、第七大源丸、第一南海丸 14.10.01：内令第 675号：東照丸、第十二日正丸、第七大源丸、第十雲海丸 14.11.15：内令第 850号：第十五砲艦隊と改称
16.10.15：内令第1250号：京城丸、靜海丸、日海丸 17.07.01：内令第1180号：靜海丸、日海丸 17.09.25：内令第1781号：第五砲艦隊の項を削る
【第六砲艦隊】 16.12.10：内令第1618号：第二號長安丸、第二號長江丸 16.12.31：内令第1773号：第二號長安丸、第二號長江丸、平壌丸 17.04.10：内令第 652号：第六砲艦隊の項を削る
【第七砲艦隊】 16.10.15：内令第1250号：昭德丸、弘玉丸 17.04.10：内令第 652号：第七砲艦隊の項を削る
【第八砲艦隊】 15.11.15：内令第 837号：生田丸、長田丸、大同丸 16.01.15：内令第 28号：生田丸、長田丸、大同丸、朝海丸 16.10.15：内令第1250号：生田丸、長田丸、大同丸、朝海丸 16.11.25：内令第1534号：生田丸、長田丸、大同丸 17.07.10：内令第1215号：第八砲艦隊の項を削る
【第十砲艦隊】 16.10.01：内令第1166号：まがね丸、吉田丸 16.10.15：内令第1250号：まがね丸、吉田丸 17.04.10：内令第 652号：第十砲艦隊の項を削る
【第十三砲艦隊】 14.11.15：内令第 850号：豐國丸、會寧丸、正生丸、百福丸 15.11.15：内令第 837号：豐國丸、正生丸、百福丸、第十雲海丸 16.10.15：内令第1250号：豐國丸、正生丸、百福丸、第十雲海丸 18.06.01：内令第1087号：豐國丸、正生丸 19.02.20：内令第 345号：第十三砲艦隊の項を削る
【第十四砲艦隊】 14.11.15：内令第 850号：あきつ丸、義勇丸、第八桐丸、新興丸 15.10.10：内令第 674号：義勇丸、第八桐丸、新興丸 15.11.15：内令第 837号：新興丸、東照丸、第十二日正丸、第七大源丸 16.10.15：内令第1250号：第一號新興丸、東照丸、第十二日正丸、第七大源丸 18.01.01：内令第 2号：第一號新興丸、東照丸、第七大源丸 18.06.01：内令第1087号：第一號新興丸、第七大源丸 19.04.10：内令第 540号：特設砲艦隊編制を廃止
【第十五砲艦隊】 14.11.15：内令第 850号：東照丸、第十二日正丸、第七大源丸、第十雲海丸 15.11.15：内令第 837号：第十五砲艦隊の項を削る
【第一砲艦隊司令】 補 12.09.17：海軍大佐 大島 四郎 免 13.04.20：海軍大佐 大島 四郎 補 13.04.20：海軍大佐 山本 正夫 免 13.08.10：海軍大佐 山本 正夫 補 13.08.10：海軍大佐 坂野 民部 免 13.11.10：海軍大佐 坂野 民部
補 15.11.15：海軍大佐 秋山 輝男 -- 16.09.15：海軍大佐 秋山 輝男 （補第一防備隊司令兼第一砲艦隊司令） 免 16.09.25：海軍大佐 秋山 輝男 （免兼職） 補 16.09.25：海軍大佐 小豆澤 成 免 17.04.10：海軍大佐 小豆澤 成
【第二砲艦隊司令】 補 12.11.07：海軍大佐 春日 末章 免 13.09.10：海軍大佐 春日 末章 補 13.09.10：海軍大佐 畠山 耕一郎 免 13.10.20：海軍大佐 畠山 耕一郎
補 16.01.15：海軍大佐 堀内 馨 免 16.05.01：海軍大佐 堀内 馨 補 16.05.01：海軍大佐 板倉 得止 免 18.01.05：海軍大佐 板倉 得止 補 18.01.05：海軍大佐 村上 暢之助 免 18.03.15：海軍大佐 村上 暢之助
【第三砲艦隊司令】 補 13.10.20：海軍大佐 畠山 耕一郎 免 13.12.05：海軍大佐 畠山 耕一郎 補 13.12.05：海軍大佐 秋山 勝三 免 14.10.05：海軍大佐 秋山 勝三 補 14.10.05：海軍大佐 福田 貞三郎 免 14.11.15：海軍大佐 福田 貞三郎
補 16.01.15：海軍大佐 山本 六郎 免 17.07.01：海軍大佐 山本 六郎
【第四砲艦隊司令】 補 13.11.18：海軍大佐 坂野 民部 免 14.11.15：海軍大佐 坂野 民部
補 16.01.15：海軍大佐 井上 左馬太 免 17.01.10：海軍大佐 井上 左馬太 補 17.01.10：海軍大佐 中津 成基 免 17.04.10：海軍大佐 中津 成基
【第五砲艦隊司令】 補 13.11.20：海軍大佐 中邑 元司 免 14.11.15：海軍大佐 中邑 元司
補 16.10.15：海軍大佐 神山 德平 免 17.09.25：海軍大佐 神山 德平
【第六砲艦隊司令】 補 16.12.10：海軍大佐 公家 種次 免 17.04.10：海軍大佐 公家 種次
【第七砲艦隊司令】 補 16.10.15：海軍大佐 石黑 虎雄 免 17.04.10：海軍大佐 石黑 虎雄
【第八砲艦隊司令】 補 15.11.15：海軍大佐 岡 恒夫 免 16.11.25：海軍大佐 岡 恒夫 補 16.11.25：海軍大佐 坂野 民部 免 17.07.10：海軍大佐 坂野 民部
【第十砲艦隊司令】 補 16.10.01：海軍大佐 森田 一男 免 17.04.10：海軍大佐 森田 一男
【第十三砲艦隊司令】 補 14.11.15：海軍大佐 福田 貞三郎（官房機密第7066号により辞令を用いず補命） 免 15.09.25：海軍大佐 福田 貞三郎 補 15.09.25：海軍大佐 難波 祐之 免 15.11.20：海軍大佐 難波 祐之 補 15.11.20：海軍大佐 萬膳 三雄 免 16.10.15：海軍大佐 萬膳 三雄 補 16.10.15：海軍大佐 矢野 美年 免 18.05.05：海軍大佐 矢野 美年 補 18.05.05：海軍大佐 田尻 穰 免 19.02.20：海軍大佐 田尻 穰
【第十四砲艦隊司令】 補 14.11.15：海軍大佐 伊藤 皎 免 15.10.15：海軍大佐 伊藤 皎 補 15.10.15：海軍大佐 森 良造 免 16.08.11：海軍大佐 森 良造 補 16.08.11：海軍大佐 大橋 竜男 免 17.04.10：海軍大佐 大橋 竜男 補 17.04.10：海軍中佐 片山 司吾六 免 18.06.28：海軍中佐 片山 司吾六 補 18.06.28：海軍中佐 西 哲雄 免 19.04.10：海軍中佐 西 哲雄
【第十五砲艦隊司令】 補 14.11.15：海軍大佐 山崎 助一 免 15.11.15：海軍大佐 山崎 助一
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