特設砲艇隊は特設艦船部隊令第六十條で規定される部隊で、主として特務艇、雑役船等の小船艇（以下砲艇と呼称す）を以てする水域の防禦及警備に関することを掌り第一砲艇隊等と呼称することとされました。特設砲艇隊であっても呼称には「特設」はつかず単に第一砲艇隊であり第一特設砲艇隊でないことにご注意ください。また特設砲艇隊には砲艇の外必要なる艦船、特設艦船を附属することとされていました。
【第一砲艇隊】 13.07.01：編成： 13.12.15：聯星 拿捕船16隻 --.--.--：聯星 滑走艇 イ三一～イ三四號、イ三六號 内火艇（砲艇型）（十五米） イ一七～イ二〇號 特型運貨船（十四米） イ二一～イ三二號 拿捕砲艇 三號、五～一六號、一内火～九内火、戎克型一～五號 15.11.01：聯星 （イ〇） 滑走艇 イ一～イ五號 内火艇（砲艇型）（十五米） イ一一～イ一四號 特型運貨船（十四米） イ二一～イ三五號 拿捕砲艇 イ五一～イ七七號 17.10.10（現在）支那方面艦隊機密第396号ノ２： 中型砲艇 公稱第1169號、公稱第1172號、公稱第1173號、公稱第1178號、公稱第1291號、 公稱第1292號、公稱第1318號、公稱第1319號、公稱第1322號、公稱第1323號、 公稱第1360號、公稱第1361號 小型砲艇 公稱第3710號、公稱第3721號、公稱第3723號、公稱第3733號、公稱第3878號、 公稱第3879號、公稱第3893號 砲艇型内火艇 公稱第1201號、公稱第1202號、公稱第1203號、公稱第1204號 滑走艇 公稱第3524號、公稱第3525號、公稱第3532號、公稱第3533號、公稱第3534號、 公稱第3537號 特設砲艇 第305號砲艇 拿捕船 005、007、010、011、026 18.03.--（現在）： 中型砲艇 イ一～イ一二號 小型砲艇 イ二一～イ二八號 砲艇型内火艇 イ三一～イ三四號 滑走艇 イ四一～イ四七號 拿捕船 イ五一～イ五五號 18.08.02：解隊
【第二砲艇隊】 13.07.01：編成： 13.12.15：文星 拿捕船６隻 機動艇14隻 15.--.--：二一～二四號内火艇 三五號、四四號 昭洋丸（201）、第一白髭丸（202）、第七光榮丸（203）、第十二海生丸（204）、 第五能代丸（205）、神明丸（206）、日日丸（207）、豊濱丸（208）、第三豊漁丸（209）、 春日丸（210）、長寶丸（211）、高砂丸（212）、第五進漁丸（213）、第十三海國丸（214）、 幸榮丸（215）、第二寶一丸（216）、第三大漁丸（217）、白龍丸（218）、榮寶丸（219）、 第一能代丸（220）、第三富久丸（221）、第二明神丸（222）、辨天丸（223）、神榮丸（224）、 善寶丸 17.10.10（現在）支那方面艦隊機密第396号ノ２： 中型砲艇 公稱第1177號、公稱第1195號、公稱第1293號、公稱第1327號、公稱第1362號、 公稱第1363號 小型砲艇 公稱第3693號、公稱第3694號、公稱第3697號、公稱第3698號、公稱第3894號 滑走艇 公稱第3536號、假第508號 砲艇型内火艇 公稱第1205號、公稱第1206號、公稱第1207號、公稱第1208號 交通艇 海晏、海鴻 特設砲艇 第五屋島丸、海淸 18.08.02：解隊
【第四砲艇隊】 13.09.15：編成： 那沙美、燕 内火艇 特型運貨船（十四米） 滑走艇 13.12.15：解隊
【第十一砲艇隊】 13.07.28：編成： 猿島、夏島 13.12.15：解隊
【第十二砲艇隊】 13.08.01：編成： 那沙美、燕 13.08.30：那沙美、燕、戸島、黑埼 13.09.15：戸島、黑埼 13.12.15：解隊
17.02.15：編成： 17.04.10：解隊
【第十三砲艇隊】 13.08.01：編成： 嚴島、加德、黑島 13.09.15：第一號驅潜艇、第二號驅潜艇、第三號驅潜艇、加德、黑島 13.12.15：日本海丸 黑島、加德 翠 艦載水雷艇６隻、大発12隻、小発18隻 新鴻興、蛭子丸、 --.--.--：膠濟 14.11.15：解隊
【第五十二砲艇隊】 18.07.10：編成： 常盤（18.12.20まで） 特型運貨船 公稱第5172號、公稱第5105號、公稱第5190號、公稱5191號、公稱5192號、公稱第5193號 20.08.05：解隊
特設砲艇隊には次の職員を置きその職務に付いては驅逐隊潜水隊水雷隊掃海隊驅潜隊令を準用しました。
司令
機関長
軍医長
主計長
これらの職員の外主として砲艇の乗員に充てるため一隊を通して次の職員を置き驅逐艦の職員に準じ服務するものとされました。
分隊長
隊附 士官、特務士官、准士官、下士官、兵
【第一砲艇隊司令】 補 13.12.01：海軍中佐 廣瀬 貞年 免 14.11.15：海軍中佐 廣瀬 貞年 補 14.11.15：海軍大佐 中島 千尋 免 15.10.15：海軍大佐 中島 千尋 補 15.10.15：海軍中佐 友貞 操一 任 15.11.15：海軍大佐 友貞 操一 免 16.07.31：海軍大佐 友貞 操一 補 16.07.31：海軍中佐 篠田 淸彦 任 16.10.15：海軍大佐 篠田 淸彦 免 17.02.01：海軍大佐 篠田 淸彦 補 17.02.01：海軍大佐 井上 左馬太 免 17.09.10：海軍大佐 井上 左馬太 補 17.09.10：海軍大佐 佐藤 州雄 免 18.08.02：海軍大佐 佐藤 州雄
【第二砲艇隊司令】 補 13.07.11：海軍中佐 加藤 榮吉 免 13.12.01：海軍中佐 加藤 榮吉 補 13.12.01：海軍中佐 佐土原 親光 免 14.11.15：海軍中佐 佐土原 親光 補 14.11.15：海軍大佐 中島 新太郎 免 15.11.15：海軍大佐 中島 新太郎 補 15.11.15：海軍大佐 高橋 一松 免 17.03.05：海軍大佐 高橋 一松 補 17.03.05：海軍大佐 龍岡 長久 免 18.08.02：海軍大佐 龍岡 長久
【第四砲艇隊司令】 補 13.09.15：海軍中佐 曾爾 章 任 13.11.15：海軍大佐 曾爾 章 免 13.12.15：海軍大佐 曾爾 章
【第十一砲艇隊司令】 補 13.07.28：海軍大佐 森 德治 （八重山艦長兼補） 免 13.12.15：海軍大佐 森 德治
【第十二砲艇隊司令】 補 13.08.01：海軍大佐 稲垣 義龝 （白鷹艦長兼補） 免 13.12.15：海軍大佐 稲垣 義龝 -- 補 17.02.15：海軍大佐 太原 進 免 17.04.10：海軍大佐 太原 進
【第十三砲艇隊司令】 補 13.08.01：海軍大佐 高岡 完 （嚴島艦長兼補） 免 13.12.15：海軍大佐 高岡 完 補 13.12.15：海軍大佐 森 國造 （日本海丸艦長兼補） 免 14.04.01：海軍大佐 森 國造 補 14.04.01：海軍中佐 板倉 得止 （日本海丸艦長兼補） 免 14.05.25：海軍中佐 板倉 得止 （免日本海丸艦長補） 任 14.11.15：海軍大佐 板倉 得止 免 14.11.15：海軍大佐 板倉 得止
【第五十二砲艇隊司令】 補 18.07.10：海軍大佐 渓口 豪介 （常盤艦長兼補） 免 18.11.01：海軍大佐 渓口 豪介 補 18.11.01：海軍大佐 千葉 成男 （常盤艦長兼補） 免 18.12.20：海軍大佐 千葉 成男 補 18.12.20：海軍中佐 黑木 照男 （第五十二根據地隊参謀兼大湊警備府参謀兼補） 免 19.01.20：海軍中佐 黑木 照男 補 19.01.20：海軍中佐 北野 亙 （大湊防備隊副長兼大湊潜水艦基地隊副長兼補） 任 19.10.15：海軍大佐 北野 亙 補 20.07.20：海軍大佐 山下 達喜 （大湊防備隊副長兼大湊潜水艦基地隊副長兼補） 免 20.08.05：海軍中佐 山下 達喜
＊＊＊＊＊